第183章 你字多，你有道理！（1/2）

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一周时间转瞬即逝，MIT新学期正式开启。

对林晓而言，这个新学期的节奏就已经彻底松弛下来。

历经整个寒假的通宵攻坚，他的DCA基因组解析课题核心算法已经完全落地成型。

整套研究框架搭建完毕，最难的理论突破与代码落地环节都已经结束了。

后续只剩参数微调、公开数据集测试与论文撰写的工作，不需要再像之前那样争分夺秒、日夜赶工。

哪怕不用CSAIL里的顶级工作站，依靠普通设备完成剩余收尾工作也绰绰有余。

只不过，让林晓倍感意外的是，邦妮教授又给他续了一整个学期的实验室实习权限。

原本仅限寒假的科研资格得以顺延，让他在新学期依旧能出入顶尖实验室，调用海量算力与科研资源。

这份优待，林晓还是很感激的。

......

新学期。

上午九点。

又到了一周一次的《计算分子生物学专题》课。

经过上学期的课程打磨，所有选课新生都早已摸清邦妮·伯杰教授的授课风格。

极简凝练、思维跳跃。

重逻辑轻铺垫，不讲冗余基础。

直奔核心难点，听课门槛极高。

林晓和艾文并肩坐在教室后排。

他现在越来越觉得，邦妮教授讲课水平确实很高。

但可能只是因为听课的人水平达不到，基础比较薄弱，所以听得一头雾水。

可一旦具备足够的科研积累，便能察觉到她课程里字字干货、句句精髓。

详略得当、格局极高，完全是顶尖学界的前沿视野。

“好了，各位，上节课我们讨论了序列比对中的经典动态规划。”

“今天，我们要把这个问题升级一下。当我们面对的不是两条序列，而是成千上万条来自同一微生物群落的宏基因组DNA片段时，我们的算法还Work吗？”

“这是个真实问题。我们从人体肠道样本中测序，得到了几百万个短读长。”

“现在的挑战是，我们能不能只根据这些碎片，就重建出群落里所有物种的基因组？这叫做‘宏基因组组装’”

“所以，我们实验室几年前提出了一个方法，叫做MetaSades的变体思路，但今天我更想和你们深入探讨的是算法底层的计算优化策略。我们不谈生物学应用，就谈计算。”

她走到白板前，开始画一个简化的二分图。

“听好了，这是我们的计算靶点。”

“我们要把所有的Reads映射到一个由物种特异性的标记基因构建的锚点上。”

“现在的问题是：如果你要在10?个Reads中，找出所有包含某个特定锚点序列的Reads，你们打算怎么设计这个搜索算法？”

大半节课下来，周围不少学生都面露困惑、埋头苦记笔记，神色紧绷。

现在难题抛出，教室内瞬间安静下来，不少学生低头沉思，迟迟没有头绪。

身旁的艾文思索片刻，瞥见身旁的林晓姿态松弛，神情淡然。

于是忍不住压低声音小声问道：“你是不是已经想到解法了？”

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