第251章 好小子,够上道!(2/2)
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陈俊只好选择闭嘴。
打开刚才跑到一半的数据波形图,把输出日志从头翻了一遍。
他的实验是RNA-seq差异表达分析。
样本经过了多重标准化处理,按理说走完流程应该不会出太大意外。
可现在波形图看起来不太对,在某个位点上出现了异常波动。
他把鼠标移到那段波形上放大了几倍,确认不是视觉误差。
确实有一个不该出现的异常峰,出现在当前基因的转录起始位点附近,横跨了大约三百个碱基的区间。
看到这里,陈俊心态稍微有些炸裂。
“我操,一个小时白跑了。”
他叹了口气,手指已经习惯性地移向了标记删除键。
然后准备把这段数据标记为不合格,最后删掉重来,把注意力放到后续能跑通的数据上去。
对跑数据来说,数据异常那简直是家常便饭。
RNA-seq、GWAS、单细胞测序......
不管什么平台出来的原始数据,几乎没有一次是完美的。
建库时的偏差、测序深度的不均、样本批次间的系统偏移......
随便哪一步出了点状况,最终跑出来的结果都会体现出微妙的痕迹。
绝大多数时候,这些痕迹通常不会严重到让整个实验作废。
但它们会在分析流程的某个环节逐渐积累,把原本清晰的分析路径引向一条不太一样的轨道。
而处理的逻辑也很简单。
出了问题就标记、剔除,然后重跑。
这个流程,陈俊这么多年来已经做了无数次。
熟练到已经不需要任何犹豫。
“好像......”
他回过头,看到林晓正好奇地凑近看了过来。
“这个波形看起来不像是技术噪音啊。”
陈俊的手顿时停在了半空中。
“什么意思?”他愣了一下。
“你观察一下这个异常峰的斜率变化,前半段偏陡,后半段明显变缓了。”
“噪声分布的形状通常比较均匀,不会出现这样的坡度变化。”
“这个波形的结构更接近于某种被截断的信号,像是数据在某个环节被截断了,而不是完全失效。”
林晓弯下腰,手指在屏幕边缘划了一下,示意陈俊注意那一段。
“而且峰值位置和参考基因组的注释边界完全重合,如果是随机噪音,不会刚好卡在这个位置。”
“它出现在转录起始位点附近,像是什么东西在那里被切断了。”
陈俊愣了一下,目光重新落回屏幕上,仔细看着那段波形。
他从未从这个角度审视过自己的数据。
他做的是生信分析,不是生物计算。
所有的处理流程都是建立在一个前提之上的。
数据是对的,问题出在代码或参数设置上。
“你的意思是……”
“这段数据出问题不是因为跑错了流程。”
“而是样品本身在提取或建库步骤中就已经出现了某种原因导致的断裂?”
“我也不确定具体是哪个环节的问题。”林晓直起身点点头。
“但波形结构显示,这个异常峰可能是由于建库过程中某些步骤处理不完善导致的。”
“我并没有经手实验的,对这个现象背后的原因也说不太准。”
“但你如果保留这段异常,去查对应的实验记录,看看同批次样品是否在同样的位置出现了类似情况,也许能定位到具体环节。”
“如果同批次的样品都出现相似特征,那基本可以确定是湿实验那步出了问题。”
陈俊没有说话。
心里却在想。
真的假的?