第257章 我就是过来学习的（2/2）

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郭一凡是那种不会主动找人说话的人。

将课题组的资料交给林晓看之后，他就坐在自己那张靠窗的工位上。

屏幕亮着，光标停在某一行代码的末尾。

已经停了一段时间。

他手里握着鼠标，视线落在那行代码上，但没有操作，像是在等什么。

办公室里其他人都在忙各自的事，键盘声此起彼伏，没有人注意到他坐在那里。

他低头看了一眼手机，又放下，抬头看了看屏幕，又低下头。

他看了一眼屏幕，又看了看林晓的方向，像是在考虑该怎么开口。

他犹豫了一会儿，终于拿起手机，给林晓发了一条消息。

“林老师，方便的时候想请教一个问题。”

消息发出后，他把手机搁在桌面上，等了一会儿。

过了一会儿，林晓果然走过来。

然后在他工位旁边停了一下，说：“什么问题？”

郭一凡抬头看到他，说：“有个数据处理的逻辑我拿不太准。”

林晓拉了一把椅子在他旁边坐下：“你说。”

郭一凡把屏幕转过来一些，指着其中一列数据：“这是我做的那组转录组数据。”

“只不过我跑完差异表达之后，发现有一部分基因的表达变化幅度很大，但它们在生物学功能上差别也很大。”

“我想确认一下，我筛选差异基因时用的阈值是不是太宽了，还是说我应该在筛选之前先做一次额外的标准化？”

林晓低头看了一会儿屏幕，心里却是点点头。

果然不愧是国家重点实验室的博士生，这个能力还是在线的，问的问题还是有点水平。

他先看了看数据的整体分布，又看了一眼样本的分组标记，然后问了一句：“你做归一化的时候，用的是哪套流程？”

“用的是标准流程，没有额外做修正。”

林晓点了点头：“那你先看看这些高表达差异的基因，在样本之间是不是存在系统性的分布偏倚。”

郭一凡按照他说的操作了一下。

屏幕上跳出一张箱线图，分布模式看起来与预期不太一致，上下限的跨度比预期的更宽一些。

“……确实有偏倚。同一个样本里，不同基因的表达量差异也比较大。”

“这个偏倚不一定是实验操作的问题，”林晓说：“但如果你不确定它来自哪个环节，可以先在差异表达分析之前加一步额外的校正。”

“我推荐你用那套带协变量调整的标准化方法，它能根据已知的批次信息和样本分组信息自动调整表达量的基线，把跨组差异中可能存在的干扰因素分离出来，然后再进行差异筛选。”

郭一凡安静了几秒。

他转过头，看了一眼自己的分析流程的配置文件。

又回头看了一眼林晓说的那个节点，像是在重新审视自己之前设置的分析顺序。

他在脑子里把整个流程走了一遍。

从最初拿到原始数据，到比对、定量、标准化，再到差异表达分析。

每一步他都做过，但他从来没有认真考虑过它们之间的先后顺序可能带来的影响。

他低头在纸上写了几笔，停下笔，看着屏幕上的箱线图，像是确认了某个他一直拿不准的环节，找到了一个可以落脚的位置。

郭一凡顿时眼前一亮。

那种想了很久但没有找到方向的感觉，终于有了第一道清晰的线。

他转过头，看着林晓神情有些激动。

“我靠！……原来是这么回事。”