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第314章 耳听为虚,眼见为实(2/2)

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光凭这一手,他就知道自己不需要在担心了。

只不过,他倒有些好奇起来。

吴远桥在哪里找的人?

这个水平可以啊。

不过,现在的他显然也没有时间关心这个问题。

他很快把另一组需要处理的环境变量数据拖进了自己的工作目录里。

于是,两个人各自对着屏幕开始敲击。

键盘声在安静的实验室里持续响着,节奏稳定。

刘仁华作为程海英院士团队的资深研究员。

他做育种数据分析做了十几年,手上处理过的基因型数据少说也有几十个T。

林晓交给他的那批预处理任务,对他来说确实算不上什么难事。

拆分VCF文件、跑PLINK质控、匹配表型数据,这些流程他闭着眼都能写出来。

不到四十分钟,他已经把交代地第一个任务完成了,顺手把日志文件整理好放在了指定路径下。

活干完了,但他没有急着交差。

他来这个实验室的主要目的,本来就不是当助手。

程院士那边项目卡壳的事他比谁都清楚,而杜圣琪把超算算力全部划给林晓的消息传到他耳朵里之后,他心里多少有些不服气。

他想看看这个让董事长亲自调拨资源的研究生到底是什么水平。

他侧过头,视线越过屏幕边缘,落在林晓的操作界面上。

看了几行,他微微点了一下头。

代码结构清晰,变量命名规范,注释位置准确,是那种一眼就能看出写的人有工程经验的风格。

哪怕是他,也不免在心里说了一句。

“不错,这个代码倒是写得挺标准的。”

然后他又看了几行。

林晓现在处理的,应该是一组基因型与表型的联合分析模块。

刘仁华看到他在定义一个函数。

输入参数里包含一个被标记为扰动权重的向量,这个向量被直接嵌入了损失函数的计算逻辑中。

他忽然皱了皱眉。

这个位置不应该出现这样的参数。

按照他的经验,这套流程里用的应该是某个经典的全基因组选择算法。

那个算法的损失函数形式他太熟了,不可能带这么一个权重项。

他盯着屏幕看了几秒,确认自己没有看错,然后开口问了一句:“这个不是GBLUP吗?它的损失函数不应该是……”

林晓正在敲下一段代码,听到声音才意识到旁边还坐着个人。

他转过头看了一眼刘仁华的屏幕。

发现他那批预处理已经做完了,日志文件都整理好了。

他有点意外,但很快就接上了话:“哦,你说这个。”

“我改良了一下,原来的GBLUP用的是固定的亲缘关系矩阵,但育种数据里不同来源的标记信息质量差异很大,统一权重会稀释有效信号。”

“我给它加了一个扰动项,根据标记的可靠性动态调整它们对关系矩阵的贡献。现在它的功能相当于一个加权版本的GBLUP,在不同数据质量下都能保持稳定。”

林晓说完之后,转回去继续敲代码。

因为这个问题其实并不难,所以没有多做解释。

不过,他心里倒是对刘仁华的效率还是很颇为认可。

却不知道,此时这个助手的心里。

已经开始变的翻江倒海起来。

真的假的?

张口就来啊!

你说改良就改良?

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