第164章 原则上并不荒谬（2/2）

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“可以吗？”

“当然可以，麻烦教授了。”林晓当即欣然应允。

两人一前一后，沿着长廊朝着理学院独立办公楼走去。

作为计算生物学领域的先驱、美国院士级别的顶尖学者，邦妮·伯杰在MIT理学院的地位极高，往来的教职工和学生见到她，都会主动致意。

一路上有不少目光落在二人身上。

林晓跟在身后，心底暗自感慨，也算体验了一把另类的狐假虎威。

很快抵达目的地。

这里说是一间办公室，但更像是一处雅致安静的独立办公区。

邦妮教授走到办公桌旁坐下，然后招呼他坐下。

“OK，现在没人干扰了。”

“你继续说。”

林晓也不废话，接着刚刚的话，继续说道：“如果群体分层的偏差，会在基因协方差矩阵中形成低秩干扰结构，而基因物理耦合对应的是稀疏结构。那我们是否可以调整DCA的正则化项，用稀疏+低秩双矩阵分解，彻底替代目前行业通用的稀疏+伪计数校正框架？”

话音落下的瞬间，邦妮·伯杰没有多少迟疑，当即点头认可，心里已然对林晓有了一个极大的改观。

“不难看出……你刚才说的这个，原则上并不荒谬。”

她停顿了一下，开口时，语速比刚才慢了大约三分之一。

“DCA的核心假设是：真正的直接耦合在矩阵中是稀疏的。也就是说，只有少数几对残基之间存在真实的相互作用。而间接关联，来自于这些稀疏相互作用通过统计传播所产生的背景噪音，在频率矩阵中表现为一种稠密但结构化的干扰。”

“注意到目前业界通用的算法框架，是依靠伪计数与平均场近似，强行抹平这些背景干扰。”

“但你提出的是另一种思路，不抹平它，而是显式地把它建模为一个低秩结构，然后用矩阵分解把两个部分分开。”

说着，她抬手拿起桌上的钢笔，没有书写推演，只是捏在指尖辅助思考。

“这套思路在信号处理领域，有非常成熟的数学对应，鲁棒主成分分析。只要你的前提成立，群体分层确实表现为低秩全局扰动，RPCA的凸优化框架，完全可以同步分离低秩干扰与稀疏有效信号。”

被肯定了假设，林晓点点头，有些振奋地继续说道：“如果是这样的话，我们或许可以把DCA改造成一个育种干扰因子滤波器，而不是仅仅把它当作一个结构预测工具。”

“这样一来，育种家就可以从一个全基因组SNP矩阵出发，直接分离出值得杂交组合的功能模块，而不是被群体分层和连锁拖车干扰。”

听完这番新颖且逻辑有序的跨领域创新构想，邦妮·伯杰心中的讶异彻底抵达顶峰。

她完全没有想到，一个普通的本科生，没有局限于课堂传授的既定知识，反而跳出了课本固化的思维定式。

然后将课堂所学的计算生物学知识灵活迁移，结合自己对其他领域的理解，对经典算法提出了全新的改良思路，有着完全属于自己的独特学术思考。

虽然还没有得到验证，只是一个粗糙的想法。

但已经足够亮眼、足够出人意料。

此刻的邦妮，早已没有了最初的随意。

她收起所有杂念，开始沉下心，认真推演这套全新算法框架的落地可行性。